Les dossiers étaient initialement classés dans l'ordre alphabétique des communes, puis, à l'intérieur de chaque commune, par ordre chronologique des affaires. Une liste très succincte et très insuffisante donnait pour chaque commune les cotes et dates correspondantes. Pour présenter au lecteur un instrument de recherche détaillé, il a fallu reprendre le classement interne des dossiers des 462 communes, ce qui a été fait par un collège d'archivistes : Gérard Augustin, Eugénie Bonnafous, Jean-Marcel Bourgeat, Blandine Corna, Olivia Davesne, Delphine Guillot, Brigitte Ladde, Annie Marpeaux, Jean-Charles Mercier, Jordi Rubio, Matthieu Yves, etc. Ils se sont inspirés du cadre de classement de 1926 applicable aux archives communales, conformément aux préconisations de la circulaire AD 98-8 du 18 décembre 1998 sur le cadre de classement des archives départementales. Pour chaque commune, on retrouvera les grands domaines de compétences présentés selon le plan suivant :
- Administration générale (contentieux de la commune…)
- Commerce, industrie, agriculture.
- Impôts, cadastre.
- Affaires militaires.
- Police, justice, hygiène
- Personnel municipal.
- Comptabilité de la commune.
- Bâtiments communaux et édifices (mairies, écoles, églises, presbytères, cimetières, monuments aux morts, poids public, bureau de poste, etc.)
- Biens communaux, terres, bois, eaux.
- Travaux publics, moyens de transport.
- Cultes.
- Assistance et prévoyance.
- Instruction publique, sciences, lettres et arts.